Сюжет мультфильма
Доктор Бакстер Стокман годами работал на могущественную корпорацию, но накануне очередного эксперимента взбунтовался. Руководство фирмы поставило задачу создать мутанта, который станет живым оружием, и профессор решает сбежать. Мужчина похищает данные и материалы на несколько миллиардов, организовывает собственную подпольную лабораторию и продолжает проводить опыты. Результатом научного исследования оказывается сверхсильное существо, и доктор не собирается останавливаться на достигнутом. В его планы входит разработка других мутантов, но в амбициозные задумки вмешиваются спецслужбы.
Перед отрядом бойцов поставлена задача задержать или нейтрализовать ученого, взять монстра и найти документацию по свежим экспериментам. Однако план захвата выходит из-под контроля, когда подопытный бросается на защиту создателя. Существу удается расправиться с группой солдат, и стычка приводит к взрыву химикатов. Один из образцов попадает в городскую канализацию, где образуется новая форма жизни. Спустя 15 лет Черепашки-ниндзя совершают периодические вылазки на поверхность, чтобы пополнить запас продовольствия, действуя максимально осторожно. Мутантам долгое время удается оставаться незамеченными, пока однажды они не попадают в поле зрения журналистки.