Сюжет мультфильма
Легендарные "Черепашки-ниндзя" не нуждаются в представлениях. Во время проведения экспериментов в научной лаборатории, произошла утечка особо радиоактивного вещества. Вместе с канализационными водами оно попало в очистные сооружения Нью-Йорка, где подвергла мутации крысу и четырех черепах. В итоге, они стали ростом с человека, начали ходить на задних ногах и разговаривать, приобрели другие полезные умения. Крыса назвалась Сплинтером и начала обучать черепашек боевым искусствам. Последние в свою очередь взяли себе имена величайших художников эпохи Возрождения Микеланджело, Леонардо, Донателло и конечно же Рафаэля. Вскоре о мутантах узнала пронырливая журналистка Эйприл О'Нил, но поднимать шумиху не стала, вместо этого заручившись поддержкой бравой компании.
Главными противниками супергероев с панцирными стали ниндзя клана Фут, с главарем в лице могучего воина Шредера. Некогда его звали Ороку Саки. В те времена он убил хозяина мастера Сплинтера, который сумел оставить рану на лице нападавшего. Вторым грозным врагом является инопланетный захватчик в виде огромного мозга в стеклянной колбе Крэнг. Эти двое постоянно пытаются захватить власть на Земле, для чего строят хитроумные планы. В борьбе против злодеев четверке героев помогает Кэйси Джонс, славный мститель с улиц Нью-Йорка.